Pengadilan Agama Mojokerto memiliki tata tertib yang harus ditaati oleh semua orang yang memasuki gedung Pengadilan Agama Mojokerto. Tata tertib tersebut adalah sebagai berikut :

1.	Ketua Majelis Hakim bertanggung jawab untuk menjaga ketertiban dari semua pihak yang hadir di ruang sidang. Semua yang hadir di ruang sidang harus menaati semua perintah yang dikeluarkan oleh Ketua Majelis Hakim.
2.	Semua orang yang hadir di ruang sidang harus selalu menunjukkan rasa hormat kepada institusi pengadilan. Jika ada satu pihak yang tidak menunjukkan rasa hormat kepada institusi pengadilan, maka Ketua Majelis Hakim dapat memerintahkan individu tersebut untuk dikeluarkan dari ruang sidang bahkan dituntut secara pidana.
3.	Mengenakan pakaian yang sopan, untuk wanita sangat disarankan untuk memakai busana yang muslimah.
4.	Berbicara dengan suara yang jelas ketika seorang hakim mengajukan pertanyaan.
5.	Dilarang membawa BARANG BERBAHAYA seperti : senjata api, benda tajam, bahan peledak, atau peralatan/benda lain uang dapat membahayakan keamanan ruang sidang atau pengunjung lainnya.
6.	Petugas keamanan dapat melakukan penggeledahan setiap orang yang dicurigai memiliki salah satu atau lebih benda tersebut diatas.
7.	Bagi yang membawa barang tersebut diatas harus ditetapkan kepada petugas keamanan sidang untuk diamankan.
8.	Larangan di dalam sidang:
	-	Dilarang MEROKOK baik di ruang sidang maupun di dalam gedung Pengadilan Agama Mojokerto.
	-	Dilarang makan dalam ruang sidang.
	-	Dilarang mengaktifkan handphone (HP) dalam ruang sidang.
	-	Dilarang membuang sampah sembarangan.
	-	Dilarang menempelkan pengumuman atau brosur dalam bentuk apapun di dalam gedung Pengadilan Agama Mojokerto tanpa ijin tertulis dari Ketua Pengadilan.
	-	Dilarang berbicara keras dalam ruang sidang yang dapat menggangu jalannya persidangan.